Para poder cambiar Moodle a otro directorio deberemos actualizar las rutas presentes en el archivo config.php.
El archivo config.php se encuentra en el directorio principal de Moodle. Está muy bien organizado y habría que cambiar las direcciones que aparecen en:
2. WEB SITE LOCATION
$CFG->wwwroot =
3. DATA FILES LOCATION
$CFG->dataroot =
Cambiando y actualizando las direcciones puedes guardar los archivos en estas carpetas, Moodle seguirá funcionando correctamente, los SCORM, también, pero los archivos subidos mediante la plataforma mantendrán su dirección anterior, por lo que tendrás que volver a subirlos o bien cambiar esa dirección en la base de datos.